蛋白标签是指与靶蛋白相连的融合蛋白（参阅什么是融合蛋白）的亚结构域或肽序列。有许多在重组蛋白生产中广泛应用的蛋白标签。蛋白标签是一种方便有效的工具，可以提高重组蛋白的溶解性、简化蛋白纯化，并提供了一种在蛋白表达和纯化过程中跟踪蛋白的简便方法。
根据不同的应用，融合标签主要分为三类：表位标签、亲和标签和荧光标签。
①表位标签往往是短肽序列，可用于免疫学应用，如Western Blot 和免疫共沉淀。
②亲和标签一般较长，可用于蛋白纯化或增加蛋白溶解度。
③荧光标签可用于活细胞和死细胞，并广泛用于影像学研究，如细胞定位和共表达实验。
标签揭秘选择C端还是N端？
选择将标签融合到目标蛋白的C端还是N端，很大程度上取决于蛋白本身：蛋白的折叠方式，以及您选择的末端是否有功能要求。例如，如果C端在蛋白内部折叠，那么您收到融合蛋白信号的可能性非常小；或者，如果蛋白在标签融合末端进行翻译后剪切，那么标签将从目标蛋白中移除。
如果有资源或准备开展新型实验，好同时克隆C端和N端标签的构造，从而确定选择。一研究小组发现，与N端的标签融合蛋白相比，更多的C端融合蛋白定位于目标亚细胞腔隙。但是，需要强调的是，虽然C端标签蛋白的定位和表现往往符合预期，但并不是始终可以预测。融合蛋白定位是否正确，可通过免疫荧光进行检测；免疫印迹有助于确认融合蛋白的大小是否正确并以预期的水平表达，免疫共沉淀有助于评估融合蛋白与已知底物的相互作用方式。
融合标签优缺点：
优点：无需特异性蛋白即可分离目标蛋白；有时可在纯化后裂解标签；可将多个标签连接到同一蛋白上，增加其功能；避免免疫沉淀中出现抗体干扰；荧光标签可用于显示活细胞中的蛋白；多种标签供选择，适合不同的应用。
缺点：某些标签可能会影响蛋白功能；可能需要多次尝试才能找到标签位置，导致实验成本增加。
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