蛋白标签是指与靶蛋白相连的融合蛋白（参阅什么是融合蛋白）的亚结构域或肽序列。有许多在重组蛋白生产中广泛应用的蛋白标签。蛋白标签是一种方便有效的工具，可以提高重组蛋白的溶解性、简化蛋白纯化，并提供了一种在蛋白表达和纯化过程中跟踪蛋白的简便方法。
蛋白标签使用：
一些蛋白标签和多肽已被用于纯化重组蛋白，而且标签蛋白可以通过亲和色谱法简便地得到纯化。这些融合标签包括葡萄球菌蛋白A、谷胱甘肽-S-转移酶、麦芽糖结合蛋白、纤维素结合蛋白、几丁质结合结构域、硫氧还蛋白、链霉亲和素、RNaseⅠ、多聚组氨酸、人生长激素、泛素蛋白和抗体表位。
与重组蛋白连接的融合标签的另一个主要应用是在使用麦芽糖结合蛋白、NusA、谷胱甘肽-S-转移酶、TrxA、Fh8、SUMO、Z-tag和Halo标签的位点提高重组蛋白的溶解度。
融合标签也可以作为记录器，跟踪研究人员研究的特定蛋白表达水平，其中包括β-半乳糖苷酶、荧光素酶和荧光蛋白。常用的荧光蛋白包括绿色荧光蛋白(GFP)、橙色荧光蛋白(OFP)、红色荧光蛋白(RFP) 和黄色荧光蛋白(YFP)。
融合蛋白标签总览：
①用于亲和色谱的融合标签
融合剂被广泛用作亲和标签。与特定配体的相互作用以及在特殊条件下的洗脱可以实现高效的一步纯化，一些融合标签允许直接在亲和柱上实现再折叠。
②用于提高重组蛋白溶解度的融合标签
许多重组蛋白在生产过程中溶解度较差，可以使用融合标签以增加溶解度。其中一些重组蛋白还具有亲和标签的功能，可以用于实现良好的纯化，如麦芽糖结合蛋白(MBP)和谷胱甘肽-S-转移酶(GST)。有时会在一种不同的情况下使用两个及以上的标签，这称为串联。
NusA标签：NusA蛋白由495个氨基酸组成，通常用于增加N端或C端的表达和溶解性。它可以影响RNA聚合酶的活性，并导致该酶在某些RNA基序上停止。它也可以作为抗终止子复合物的组成部分与其他蛋白（如6His）连接。
TrxA：TrxA是大肠杆菌的硫氧还蛋白。TrxA分子量为12 kDa，可位于靶蛋白的N端或C端，其中N端更为高效。与硫氧还蛋白一样，TrxA不能与吸附剂结合，可以与6His或其他具有亲和特性的伴侣蛋白标签一起用于蛋白纯化。
Fh8：Fh8蛋白是由肝片形吸虫产生的分子量仅为8 kDa的小分子蛋白。该蛋白耐高温，即使加热到74°C也能保持其二级结构。Fh8可用于高分子量蛋白的生产。
SUMO：SUMO是Small Ubiquitin-like Modifier（类泛素蛋白修饰分子）的缩写，是100个氨基酸的序列，是蛋白运输调节所必需的，对于控制真核细胞的转录也很重要。SUMO标签常用作酵母中的N端融合序列，以增加所需重组蛋白的表达和溶解。（请参阅 SUMO标签和SUMO标签纯化）
Z-tag：基于葡萄球菌蛋白A产生的Z-tag能与抗体Fc片段结合。Z-tag也用于增加重组蛋白表达中的溶解度。
Halo：Halo是一种分子量为33 kDa的蛋白，是基于在细菌红球菌中发现的一种修饰的卤代烷烃脱卤酶(DhaA)。Halo标签也用于增加融合重组蛋白的溶解度。此外，由于Halo标签可以与氯代烷烃形成强共价键，因此Halo与吸附剂连接时可以用于蛋白纯化。