蛋白纯化采用多种色谱技术，根据其性质的差异将产物分离。标签蛋白便于用亲和色谱法处理，亲和色谱法根据蛋白标签的生物识别来捕获靶蛋白。
在所有色谱技术中，亲和色谱法占主要地位。事实上，亲和色谱是特异、有效的蛋白纯化技术，为靶蛋白纯化提供了合理的依据。它利用了生物分子识别的原理，即生物活性大分子与亲和配体形成特定的可逆复合物的能力。随着高价值蛋白的传统纯化方案被基于亲和色谱等先进的方法所取代，人们的关注重点转向了设计和选择具有高亲和力和特异性的配体。
从用于生化表征的浓缩蛋白提取物的制备到治疗性重组蛋白的大规模生产，任何纯化过程都需要经济且足量地获得纯化蛋白。因此，下游处理面临的挑战是高产能、高分辨率和高成本效率。
亲和色谱法适用于基于高特异性相互作用的生化混合物的分离。在纯化过程中可以利用具有明确特性的靶蛋白。
离子交换色谱法是一种常见的蛋白纯化方法，该方法基于与离子交换器的亲和力分离离子和极性分子。可溶性分子在通过色谱柱时与带相反电荷的不溶性固定相结合。
尺寸排阻色谱法，根据分子的大小和分子量分离分子。
疏水作用色谱分离表面有疏水氨基酸侧链的靶蛋白，与疏水基团相互作用并结合在一起。
下面是不同纯化方法的优缺点介绍：
1、亲和色谱法：
蛋白质特征：生物识别
应用：受体和配体，酶和底物，抗原和抗体
优点：
①能够分离一种特定的蛋白
②高回收率
③快速分离
缺点：要求配体具有高选择性
2、离子交换色谱法
蛋白质特征：电荷
应用：带电分子
优点：
①高准确度和
②高基质耐受性
③高选择性
缺点：柱间不一致性
3、尺寸排阻色谱法
蛋白质特征：大小
应用：大分子，大分子复合物
优点：
①高回收率
②明确的分离时间
③可获得窄条带
缺点：MW 的需求存在差异
4、疏水作用色谱法
蛋白质特征：疏水性
应用：表面具有疏水氨基酸侧链的蛋白和多肽
优点：
①高选择性
②温和、非变性条件
缺点：相互作用强