离子交换层析法是蛋白纯化的一种方式，通过带电的溶质分子与离子交换层析介质中可交换离子进行交换，从而达到分离纯化的目的。离子交换层析法主要依据电荷间的相互作用，利用带电分子中电荷的微小差异而进行分离，具有较高的分离容量。几乎所有的生物大分子都是极性的，都可使其带电，所以离子交换层析法的应用很广泛。下面为大家介绍在离子交换层析实验中遇到的七大问题，有对应的原因及解决方案：
问题一：在盐梯度中蛋白质不能洗脱
可能的原因：
缓冲液的pH不对
盐浓度太低
解决方案：
使用pH更靠近蛋白质pI的缓冲液
使用更浓的洗脱缓冲液
问题二、蛋白质出现在清洗相中
可能的原因：
①结合缓冲液的盐浓度太高
②样品的盐浓度太高或pH错误
③柱子没平衡好
④离子变性剂或其他添加剂
⑤结合到柱子上
解决方案：
降低结合缓冲液的盐浓度
更换样品的缓冲液
重复或延长平衡时间直到电导恒定
清洗柱子
问题三：分辨率比预想的要低
可能的原因：
①梯度斜率太抖
②流速太高
③蛋白质或脂质沉淀到柱子上
④样品上样前没有恰当过滤
⑤蛋白形成聚合体
⑥凝胶紧密结合
⑦柱子安装不好
⑧检测仪的流动池或柱中或柱后的混合体积太大
解决方案：
使用更平缓的梯度或增加一个平台
较低的流速下分离
清洗和再生柱子
再生柱子、过滤样品、重复层析
使用脲素或变性剂清洗柱子
运行有色的化合物观察条带检测装柱效果，如有必要重装柱子
更换流动池或减小柱后体积
问题四：层析图中峰形前拖尾或太圆
可能的原因：
①柱子超载
②柱子没装好
③柱子需要再生
解决方案：
降低样品的上样量，重复试验
运行有色的化合物观察条带检测装柱效果，如有必要重装柱子
清洗再生柱子，如果这样还不行，换一个新的
问题五：层析图汇总峰形拖尾
可能的原因：
①样品太黏
②柱子的滤器上或凝胶床的顶部
③发生了蛋白沉淀
④柱子装的不好
解决方案：
减低蛋白质的量，从样品中出去核酸
清洗柱子，更换或清洗滤器
问题六：获得的蛋白质量正常但活性低
可能的原因：
①靶蛋白在洗脱缓冲液中不稳定，因而失活了
②酶与辅酶或对其活性是必需的因子分离
③柱子上有微生物生长
解决方案：
变换洗脱条件
收集所有的组分进行测定并重复试验
清洗柱子并且在20%乙醇中或其他抑菌剂中保存凝胶
问题七：洗脱级分中蛋白质的量比预想的少得多
可能的原因：
①蛋白质被蛋白酶降解
②在样品的准备中蛋白质吸附到过滤器上
③柱子上有微生物生长
解决方案：
在缓冲液中加蛋白酶抑制剂
使用其他型号的滤器并在缓冲液中加变性剂
清洗柱子并且在20%乙醇中或其他抑菌剂中保存凝胶